Pembangunan masjid ini memiliki kisah unik tersendiri, manakala posisi dan letak bangunan harus digeser dari rencana semula karena ada satu pohon besar di lingkungan masjid tersebut yang tidak boleh ditebang oleh penduduk setempat.
Penamaan Masjid Raya untuk Provinsi Banten ini pada awal nya sempat menimbulkan polemik. Ketika bergulir wacana untuk menamakan masjid tersebut dengan memakai nama Masjid Raya Al-Chosiah diambil dari nama gubernur Banten Ratu Atut Chosiah.
Baca Juga: Sejarah Masjid Raya Baiturrahman Banda Aceh
Serta beberapa nama lain yang di usulkan diantaranya Al Chosiin, Baitul Chosiin, Al Chosiyain, Masjid Raya Nawawi, Al-Bantani dan Masjid Al-Chosiyah Al Bantani. Kemudian Gubernur Banten Mengeluarkan surat ketetapan No. 451.2/Kep.546-Huk/20I0 tanggal 4 Oktober 2010 tentang Penetapan Masjid Raya Al Bantani sebagai nama Masjid Raya Pusat Pemerintahan Provinsi Banten.
Bantani sendiri adalah nama Banten dalam Bahasa Arab. Ulama ulama Banten di Saudi selalu menggunakan nama Al-Bantani sebagai nama belakang, seperti pada nama Ulama seorang ulama Banten yang pernah menjadi Imam Masjidil Haram, Imam Nawawi Al-Bantani. Nama ini sekaligus penghormatan kepada beliau.***