Selama hidup beliau menjadi ulama di Timur Tengah, beliau sering berkunjung ke Indonesia.
Terakhir sebelum wafat, beliau mengundang seorang Habib dari Indonesia untuk menemaninya sampai beliau tutup usia.
Sayyid Muhammad Al-Maliky wafat pada hari Jumat tanggal 15 Ramadhan 1425 Hijriah atau 30 Oktober 2004 Masehi, dan dimakamkan di Alma'la di samping makam Sayyidah Khadijah binti khuwailid.***